作者：納蘭雪敏
塔布人
西元前50,000年左右出土於巴拉望（Palawan）島的「塔布人（Tabon Man）」遺骸，是目前已知最早在菲律賓生活的人類化石，顯示早期人類，可能是智人或更早期的物種已經定居於菲律賓，這段時期屬於舊石器時代，依賴狩獵與採集為生。
塔布人已經滅絕，不是現代仍然存在的族群，現代考古學家在1962年在菲律賓巴拉望（Palawan）島上的塔布洞（Tabon Cave）中發現的人類化石的命名，遺骸包括頭骨碎片、下顎骨和牙齒，年代大約為距今3萬至5萬年前，屬於舊石器時代晚期。
這些人類屬於現代智人（Homo sapiens），但是屬於當時最早來到東南亞與太平洋島嶼的早期族群。他們的後代可能已被後來大規模遷徙而來的南島語族（Austronesians）所同化與取代，今天菲律賓的原住民族，比如伊富高人、伊洛卡諾人、伊泰格人等大多與約公元前3000年左右從臺灣島南下的南島語族移民有比較直接的血緣與文化淵源。
晚期舊石器時代
晚期舊石器時代（Upper Paleolithic）約4萬年前到1萬年前，代表現代智人（Homo sapiens）出現與擴散，出現了更精緻的工具、藝術、語言、墓葬、衣物與文化行為。「塔布人」生活的時間約在3萬到5萬年前，正好落在舊石器時代的最後階段。這段時期的特點是，人類已經會製作更細緻的石器，比如箭頭、魚鉤，開始有藝術與符號，比如出現洞穴壁畫，也出現墓葬與社會分工的跡象。後來出現農業與陶器的則是新石器時代（Neolithic）。
南島語族原始的農業與定居技術在臺灣島逐漸發展成熟，包括種植小米、稻米、芋頭，以及養豬、家禽等，隨著人口增加，平地資源逐漸飽和，族群開始向外尋找可耕地與漁場，這是一種典型的農業擴張推力，人口多就需要找更多土地養活自己。
南島語族是人類史上最早發展出長程航海技術的族群之一，會使用「獨木舟」、「雙體船」與星象導航技巧，能在太平洋與南海中穿梭數百公里，這種技術使得他們有能力離開島嶼，橫渡海洋，拓展新的據點。
臺灣島是語言的「原鄉」（homeland）
語言學研究發現，幾乎所有南島語（Austronesian languages）都可以追溯到臺灣島是語言的「原鄉」（homeland），臺灣島原住民族語言多達15支以上，彼此多樣但有明顯系統性，而南下後其他南島語言反而差異較小，這就是語言「放射式擴張」的證據，南島語族的南下不是靠征服，而是像種子擴散一樣一群人離開原地，航向新島嶼定居，與當地人融合，這種溫和擴張讓他們逐步遍佈整個東南亞島嶼地區，包括菲律賓、印尼、馬來西亞、玻里尼西亞（由1000個島嶼組成的）、甚至遠至復活節島、夏威夷與馬達加斯加。
當時正處於全新世暖期（Holocene Climatic Optimum），氣候穩定，有利於航海與農業，海平面穩定、海流規律，也讓他們更容易預測航行結果。
B4a1a1是菲律賓與臺灣島原住民有極高基因相似性
臺灣島原住民與菲律賓北部的伊富高族（Ifugao）、伊洛卡諾族（Ilocano）、巴丹群島（Batanes）等地的族群有極高的基因相似度，南島語族從臺灣南下的第一站就是菲律賓，而且菲律賓許多族群的語言、文化、農業方式、甚至基因標記與臺灣島原住民非常相近，特別是B4a1a1型粒線體DNA這種基因標誌，在臺灣島原住民與菲律賓北部都有非常高的比例。
馬來西亞與印尼的婆羅洲、蘇拉威西尤其是住在內陸山區的族群，例如沙巴的杜順人 Dusun、伊班人 Iban、達雅族 Dayak，與臺灣島的排灣族、阿美族、卑南族等也有共通祖源，基因研究顯示這些族群與臺灣島原住民共同擁有許多源自臺灣南島祖先的單倍群。
單倍群（Haplogroup）
單倍群（Haplogroup）是指在人類基因中，一群擁有共同祖先並遺傳下特定突變標記的人。它是一種用來追蹤「人類遷徙路徑」和「祖源關係」的重要基因工具。父系單倍群（Y染色體 haplogroup）只會經由父親傳給兒子，因為只有男性有Y染色體，所以它追蹤的是父親的父親的父親，一路往上的血統。母系單倍群（粒線體DNA haplogroup）是經由母親傳給所有子女，因為粒線體DNA只來自卵子，所以它追蹤的是母親的母親的母親一路往上的血統，南島語族（包括臺灣原住民）最有代表性的母系單倍群是 B4a1a1，這個單倍群從臺灣出發，隨著人類遷徙，擴散到菲律賓、印尼、密克羅尼西亞、玻里尼西亞、甚至復活節島與馬達加斯加。
臺灣原住民常見的父系單倍群是 O1a-M119，這個單倍群也廣泛分布在菲律賓、馬來西亞、印尼等南島語地區，玻里尼西亞、密克羅尼西亞、馬里亞納群島（如關島）雖然地理上較遠，但這些太平洋島嶼民族（例如夏威夷人、湯加人、薩摩亞人）與臺灣島原住民也共享一些古老的母系基因標記，例如B4a1a1a，這是南島語族往東遷徙的路線證據之一，臺灣島可以說是太平洋島民的遠祖故鄉，如果你們的粒線體DNA都是B4a1a，那代表你們的母系祖先也有交集，可能來自同一條南島語族的遷徙支線。
公元前3000年到公元前500年南島語族（Austronesian）遷徙至菲律賓群島
來自南中國與台灣的南島語族（Austronesian）族群逐漸遷徙至菲律賓群島。他們帶來了製陶技術、農業、漁業與航海知識。這些人是今日多數菲律賓族群的祖先，這段時期逐漸進入新石器時代與金屬時代。
公元前500年到公元900年菲律賓各地陸續發展出具有社會階層與貿易的部落型社會，稱為「Barangay」（由十數至百人不等的群體組成）。
這時期已有與中國南方、越南、印度、馬來半島、爪哇等地貿易往來。許多印度教與佛教影響透過貿易傳入，例如一些梵文銘文與佛像出現在呂宋與民答那峨島公元900年出現目前已知最早的書面歷史記載——「拉古那銘文」（Laguna Copperplate Inscription
用古爪哇文、梵文與馬來文混合寫成，記錄債務赦免的法律文書。它證明當時的呂宋地區已經有高度社會組織、書寫系統與法律制度，並與印尼與馬來半島有密切聯繫。
公元1000–1300年
形成多個小型政權與酋邦，如呂宋的Tondo王國、馬尼拉的Maynila、維薩亞斯的Madja-as王國，位於今天的班乃島Panay，這些政權多為港口城市，與中國宋朝、日本、婆羅洲與暹羅等地進行香料、瓷器與黃金的貿易。
公元1279年以後（元朝時期）
元朝派出使節與商人來到菲律賓進行貿易，記載中稱這些地區為「麻逸」（Mayi）與「三嶼」等名稱。中國文獻記錄當地已有「王」的統治者，也有中菲之間的朝貢貿易。
公元1380年左右
從13世紀起，伊斯蘭教透過阿拉伯商人、波斯傳教士與已經皈依伊斯蘭的馬來群島穆斯林商人，開始在東南亞迅速擴散。尤其是蘇門答臘（現在的印尼）的蘇木都剌國（Samudera Pasai）和馬六甲蘇丹國（Malacca Sultanate，1400年成立）成為伊斯蘭文化與貿易的核心樞紐。這些穆斯林王國透過香料貿易與航海，與整個馬來世界建立密切網絡。
根據歷史傳說，公元1380年，一位名叫 Sharif Makhdum 的阿拉伯裔或波斯裔穆斯林傳教士，從蘇門答臘或馬來半島搭船來到菲律賓南部的蘇祿群島（Sulu Archipelago）。他選擇在Tawi-Tawi島的Simunul村登陸，並在當地建立了菲律賓歷史上第一座清真寺——Sheikh Karimul Makhdum Mosque。Sharif Makhdum 不僅傳教，還與當地部族建立聯繫，可能與當地貴族通婚，進而擴大伊斯蘭影響。
這座清真寺至今仍然存在，經過修復後成為歷史遺址，也象徵著伊斯蘭信仰正式進入菲律賓的起點。
傳教活動持續數十年後，另一位傳教與政治領袖 Sharif ul-Hashim（沙里夫·哈希姆）於1450年正式建立了蘇祿蘇丹國（Sultanate of Sulu）。Sharif ul-Hashim 據說是阿拉伯人後裔，來自哈希姆家族（與穆罕默德同族），因此擁有高度宗教與貴族威望。他娶了當地酋長之女後，在政治聯姻基礎上，被擁立為蘇丹（國王）並建立王朝，採用伊斯蘭法（沙里亞）治理。蘇祿蘇丹國的特點以清真寺為中心，建立伊斯蘭宗教教育制度，推行伊斯蘭律法處理社會與家庭事務透過海上貿易與爪哇、馬來半島、婆羅洲形成強大聯盟，同時也是當地反抗西班牙統治的重要力量之後持續到19世紀。
約在16世紀初（可能介於1475至1520年間），馬京達瑙蘇丹國在棉蘭老島西南部（今馬京達瑙省與科塔巴托一帶）成立。創立者為 Sharif Kabungsuan，他據說是來自馬來半島或蘇門答臘的穆斯林王子，也是先知穆罕默德的遠親。他帶來伊斯蘭信仰，與當地部族聯姻，同樣被擁為蘇丹。馬京達瑙蘇丹國後來成為棉蘭老地區最強大的伊斯蘭政權，並與蘇祿蘇丹國維持宗教與貿易聯繫，形成穆斯林政治網絡。
語言方面引入大量阿拉伯語詞彙，如sultan、imam、masjid、zakat等，法律制度：以伊斯蘭法（Sharia）規範婚姻、財產繼承、刑罰，教育體系建立madrasah（伊斯蘭學校），教授古蘭經與語文，社會結構發展出以蘇丹、貴族與宗教學者為核心的貴族制度。
1405–1424年：鄭和下西洋
明朝派遣鄭和七次下西洋，航經菲律賓。當時一些當地部族首領（例如三寶顏與馬尼拉地區）有向明朝朝貢，並被冊封為地方「王」。
1500年左右
菲律賓群島已有許多發展成熟的地方政權，如Tondo、Maynila、Cebu的Rajahnate of Cebu，以及蘇祿蘇丹國、馬京達瑙蘇丹國，各地貿易繁盛，並形成高度地方化的貴族與平民階級制度。
1521年是菲律賓歷史上的轉捩點
這一年發生了兩件具有深遠影響的重大事件，麥哲倫（Ferdinand Magellan）1521年3月16日抵達菲律賓，葡萄牙航海家費迪南·麥哲倫（Ferdinand Magellan），代表西班牙王室執行「西行航繞地球」的航海任務，於1521年3月16日航行至今天的薩馬島（Samar）附近，成為歐洲人首次有紀錄地抵達菲律賓群島。
幾天後，他登陸了鄰近的萊特島（Leyte）與宿霧島（Cebu），受到當地酋長的接待，並嘗試傳播基督教與建立西班牙宗主權。
1521年4月27日當時宿霧酋長胡馬邦（Rajah Humabon）與麥哲倫結盟，皈依天主教，但可能是出於政治利益，並說服麥哲倫幫他出兵征服鄰近的麥克坦島（Mactan）。麥哲倫於4月27日清晨率兵登陸麥克坦，但遭到當地酋長拉普拉普（Lapu-Lapu）與其士兵頑強抵抗，麥哲倫當場被殺，結束了他的航海生涯。
麥克坦戰役（Battle of Mactan）也是菲律賓歷史上首次原住酋長成功抗擊歐洲侵略者的紀錄，拉普拉普至今被尊為民族英雄與反殖民象徵。雖然麥哲倫戰死，他的船隊由胡安·塞巴斯蒂安·埃爾卡諾（Juan Sebastián Elcano）接手指揮，並繼續航行，最終在1522年完成人類史上第一次環繞地球航行。雖然西班牙此時並未立即建立殖民統治，但這次探勘為之後1565年西班牙正式征服菲律賓（由黎牙實比 Miguel López de Legazpi）打下了基礎。
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