1991年3月24日，當時是台北縣汐止鎮發生吳銘漢、葉盈蘭夫婦命案，承辦檢察官崔紀鎮勘驗筆錄上記載之證物，廚房中菜刀及菜刀上的毛髮，以及血指紋印三枚，浴室中毛髮數根。
以當時的鑑識技術，只有血指紋可以調查，最後1991年8月13日晚間11點40分，因命案現場的薪水袋上血指紋找到住在對面的關係人的弟弟中華民國海軍陸戰隊第九十九師六五七團四一O營第四連(現為陸戰九九旅步二營步四連)，現役軍人上兵王文孝（22歲，雲林人）。王文孝於軍中被捕，並接受軍事檢察官第一次訊問，王文孝表示因積欠電玩賭債而犯下此案，且供稱為他1人所為。
8月14日早上10點30分，專案小組借提王文孝。下午2點半，檢察官崔紀鎮訊問王文孝並作成筆錄；此為檢方對王文孝所做之第一份筆錄。下午4點，犯罪現場模擬，王文孝仍稱僅1人犯案，但警方不信被害人身中79刀僅為1人所為，於是開始訊問共犯問題。而現場模擬之錄影帶警方最後以「洗掉」為由一直未提出。晚間11點30分，警方對王文孝作第一次警訊筆錄，王文孝首度承認有其他共犯：謝廣惠、王文忠、黑點和黑仔4人。
而且這個案件很罕見的違反了憲法的規定，憲法第8條規定，人民遭受任何機關非法逮捕拘禁時，其本人或他人得向法院聲請追究，人民身體之自由應予保障。除現行犯之逮捕由法律另定外，非經司法或警察機關依法定程序，不得逮捕拘禁。非由法院依法定程序，不得審問處罰。非依法定程序之逮捕、拘禁、審問、處罰，得拒絕之。
1991年8月16日凌晨3點10分，警方以「取贓」名義，未具搜索票非法進入莊林勳住宅搜索，搜索莊林勳被刑求所供出的開山刀。雖未尋獲開山刀，但脅迫莊林勳之弟莊國勳同意，破壞莊的臥房衣櫥抽屜內層夾板，於夾縫數百枚硬幣中任取新臺幣24元硬幣並指為贓款。後經檢驗，硬幣並無任何血跡反應。
1992年（民國81年）1月11日，王文孝受陸海空軍刑法判決死刑定讞，執行槍決。槍決前，仍表示蘇建和等人確實涉案。
死前王文孝的說詞認為蘇建和等人確實涉案成為雖然沒有明顯的物理證據，但歷審法官以他自白判斷其他人有罪的依據。
1995年（民國84年）2月9日 ，最高法院駁回被告上訴，本案判決定讞，蘇建和等三人各被判處兩個死刑，褫奪公權終身。2月20日，當時的檢察總長陳涵向最高法院提起第一次非常上訴。
在蘇建和案中有兩個非常關鍵的角色，一個人就是檢察總長陳涵，另外一個是當時的法務部長馬英九。
依據陳涵自己的自述，他在任內提到，1992年5月，他被任命為最高法院檢察署的檢察總長，當時的司法改革，法官的裁判書不必送給庭長、院長核閱，所以大量違背法令的刑事確定裁判大為增加，所以陳涵當時也有這樣的時代背景，在他任內提起非常上訴的案件非常多，可以說開啟檢察官與法院的大鬥法。
如果你到法院看過法官判案，其實多數法官的能量非常負面，且因為時間非常趕，案件數量龐大，跟看醫生幾乎是一樣的，看醫生醫生的負能量很重的也非常多，目前我認為三大負能量最重的職業分別就是法官、醫師、護理師，是我認為負能量最重的行業。
第一案是林慶華瀆職的案件，法院沒有給被告辯論的機會，最後撤銷判決。
第二案是蘇炳坤強盜殺人案件，提起非常上訴三次，最後是陳水扁特赦，而蘇炳坤曾經透過馬英九取得陳涵電話，希望送匾額被拒絕。
陳涵為什麼拒絕雖然他本人沒有說，我自己推斷的想法是，檢察總長的工作是確保訴訟程序有保障到被告的權益，以陳涵自己做為檢察官來說他做的保障被告訴訟權益並不代表他認為被告是無罪的，很多人不懂這差異在哪？
你如果被刑求而承認犯罪，而沒有直接證據，在法律上你是無罪的，但能不能代表你沒有做，這是另外一個層次的問題，沒有找到證據，法官、警察、檢察官不應該依據人證等證據來執行，但你有沒有做，沒有人知道，陳涵拒絕蘇炳坤贈送，可能一方面就是他也無法確認蘇炳坤到底是不是兇手，但至少法院的證據是不足的他可以確認，而如果收了蘇炳坤的匾額，很像變成他是因為幫了蘇炳坤才有這塊匾額，收了反而讓更多人誤會蘇炳坤。
所以他拒絕收蘇炳的匾額是非常有智慧的行為。
第三案就蘇建和案，陳涵自己也提到，這個案件，法院審判程序違反多項刑事訴訟法的規定，而不是相信他們無罪，被告曾聲請法院勘查現場，證明室內空間太小，不可能多人在內輪姦，並請傳喚軍方的公設辯護人，證明軍法審判時王文孝是供述一人所為，但法院對於請求置之不理，也不再判決書中說不必調查的理由，已經明確違法。
當時警方也沒有採集分泌物的鑑識習慣，所以根本無從得知是否有性侵行為，
1995年5月19日，檢察總長陳涵正式通知辯護律師不再為蘇建和等3人提起第3次非常上訴。5月28日，法務部將本案發交最高法院檢察署再研究提起第三次非常上訴。
7月6日 ，檢察總長陳涵為本案提起第3次非常上訴，指出審判過程部分證據應調查而未調查，取捨證據有違證據法則，且汐止分局有違法羈押之問題。
7月10日，資深法醫楊日松指吳銘漢夫婦死亡驗斷書只載明銳器創傷，並無從辨別刀傷數。
1996年（民國85年）1月9日 ，辯方律師蘇友辰針對駁回再審及停止執行刑罰之裁定向最高法院提起抗告。
2月14日，最高法院撤銷原裁定，發回高等法院。
1996年3月，最高法院有超過40位法官召開記者會，史無前例。會中除發布四萬多字的說明書為有罪判決辯白外，還留下最經典的幾句話包括：「我考試第一名的人，絕對不會判錯」、「兩具屍體總共被砍七十九刀為不爭之事實，即為重要證據」引起社會譁然，輿論為此一變，轉向同情三名被告。此記者會被視為解嚴後傷害法官公正性與權威性的代表事件。
6月7日，最高法院駁回再審及停止刑罰執行之抗告，裁定確定，但關鍵當時的法務部長當馬英九持續拖延簽署蘇建和3人的死刑執行令，馬英九曾在後來的島國殺人紀事採訪時提到，人權應該是我們法律人一個終極的關懷，所以我不認為說，在本案來講，我們對本案的慎重就是去侵害了被害人的人權，大多數本案的法官、檢察官都沒有跟死者家屬接觸過，我去汐止去看過兩個小孩，爸爸媽媽死了這麼慘......我們同情死者要找出真兇來，這個才是保障人權之道。
馬英九的採訪連結在下方：
https://youtu.be/0ZEukay1AHU?si=3riMm-7Bl-7AVxe9&t=2846
6月18日，最高法院公布蘇建和案研討結論，試圖對正在研究提出第四次非常上訴的檢方施壓，檢方與院方雙方槓上的態勢明顯。
9月18日，本案唯一活口見證王文忠，正式出面指控警方刑求，指出命案確係其兄王文孝1人所為，蘇建和3人跟他都是在刑求下為不實的自白。
1999年（民國88年）9月23日，最高法院終於不敵壓力撤銷原裁定發回高等法院。
2003年（民國92年）1月13日，臺灣高等法院葉騰瑞、江國華、黃國忠三位法官作出判決，被告三人無罪釋放。被害人家屬不服，向最高法院提起上訴。
2003年8月8日，最高法院撤銷無罪判決，發回高等法院更審。
2007年（民國96年）5月4日，旅美鑑識專家李昌鈺以證人身分返臺作證，推翻過去法醫的認定，並提出18項新發現。
6月29日 ，蘇建和三死囚案，臺灣高等法院再更一審宣判，合議庭認定蘇建和、劉秉郎、莊林勳等三人有罪，改判死刑並褫奪公權終身。
7月2日，蘇建和等三人在律師陪同下向最高法院提起上訴，台灣高等法院駁回台灣高等法院檢察署檢察官對蘇建和等3人的羈押聲請。
11月1日，蘇建和案，最高法院發回高等法院更審。最高法院指出，原審對於軍方尋獲兇器菜刀，未做刀紋鑑定，這部分調查未盡，另外，高院審理時，更易後法官不知當事人等先前攻擊、防禦內容，即行辯論並命辯論終結，逕行判決，這部分難為適法。另外，台灣高等法院檢察署檢察官不服台灣高等法院駁回對蘇建和等三人的羈押聲請，提起抗告，最高法院亦予以駁回檢察官的羈押聲請。
最大關鍵是2008年6月20日，李昌鈺藉由資料分析、現場還原、血跡分佈及重建程序，依科學方法進行犯罪現場重建，發現以下事證：
1.被害二人共有79處刀傷，並無如原起訴書所描述之警棍或其他鈍器傷。
2.雙人床、五斗櫃及牆邊地上，四周均有大量的、非常完整的噴濺痕及滴血，沒有人體或物件阻擋的痕跡。從現有的證據看來，可以肯定沒有多人在場犯案的跡証。
這一項證據是指如果有多人行兇，血跡噴濺會被人體擋住，而沒有辦法形成很完整的噴濺痕在牆壁上。
3.吳銘漢陳屍位置是在房門與五斗櫃之間。由於房門及五斗櫃位置限制，只能容納一人。兇器只有菜刀可能，水果刀及警棍不可能造成砍殺傷口，因開山刀刀刃長度該空間不能容納，並會在五斗櫃側造成刀砍痕跡。因此根據排除法，唯一可能容納之兇器為菜刀。
4.現場地面、棉被、衣物均有血跡，說明在兇手行兇過程中，這些衣物已在地面；現場活動空間極小。
5.現場活動空間大約在1.12平方公尺至1.41平方公尺之間，如二名被害人加四名兇嫌，可能佔有面積為26.21平方公尺，故現場無法容納如原起訴書所謂「四人同時持刀棍行兇」之行兇方式。
6.在現場均無發現被告三人之鞋印、指紋及毛髮，顯示該三名被告於事發時可能不在犯罪現場。
7.現場發現三枚血指紋，指紋比對為王文孝所有，其他三名嫌犯指紋、掌紋未在現場發現，此點顯示其他三人可能不在犯罪現場。
2010年（民國99年）11月12日，高等法院再更二審判決被告三人無罪，檢察官再度提起上訴。
2012年（民國101年）8月31日，本案再更三審，高等法院仍判決被告蘇建和等三人無罪。依《刑事妥速審判法》第八條規定，不能再上訴，本案定讞。
從1991年到2012年，整整走過20多年，司法院刑事補償法庭於2013年，以蘇建和等人涉有罪嫌、羈押有可歸責事由等為由，補償三人合計新台幣1584萬元。蘇建和等人不服、於2022年對憲法法庭聲請主張「可歸責事由」違憲。憲法法庭最終判決聲請已過5年時效，裁定不受理。
2024年6月18日，台灣高等法院召開言詞辯論庭。雙方爭論焦點，主要是各種刑事鑑識方面的可信度。法院則宣佈將於10月31日宣判，等於雖然刑事訴訟已經結束，民事訴訟依然尚未結束，且蘇建和案因為受有冤獄補償金，所以該案甚至至今已經超過30年尚未完全結束。
很多社會輿論認為法院對於這項案件被施壓最終才做出無罪判決，但民事法院卻不願意採信刑事法院的調查證據，還是要堅持繼續調查，使得2024年此案還是沒結束。
經過30年的歲月，這件事情還沒有結束！不過至少30年來可以看到陳涵與馬英九兩人在這起案件裡面露出對人命的尊重，沒有因為證據不夠充分下就做出執行死刑的決定，陳涵1927年生至今已經97歲高齡，馬英九卸任總統後也已經74歲高齡。
或許民進黨、國民黨在政治上是天敵，但在人權這件事情上，與不少民進黨人權前輩一樣，馬英九仍然是在重要的司法人權上有重大的功勞。
-臺灣史上最知名的冤獄-蘇建和案){kind=link}
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